Die Femern A/S ist Teil der Sund & Bælt Holding A/S, eines 100-prozentigen Staatsunternehmens des dänischen Verkehrsministeriums. Die Sund & Bælt Holding A/S ist auch für die Brücke über den Großen Belt verantwortlich.
Der Hauptsitz der Femern A/S liegt in Kopenhagen. Darüber hinaus unterhält das Unternehmen Büros in Burg auf Fehmarn und Rødbyhavn, Dänemark. Am 1. August 2011 zählt das Unternehmen 70 Beschäftigte.