Die Rückzahlung der Schulden wird nicht durch die dänischen Steuerzahler, sondern über die Mautgebühren der Benutzer der festen Querung finanziert. Es wird angenommen laut der finanziellen Berechnungen, dass die Maut für die Überquerung der festen Verbindung genauso hoch sein wird, wie die durchschnittlichen Fährpreise auf der Fährstrecke zwischen Rødby und Puttgarden (siehe auch unter Finanzprognosen).

Für den Abschnitt von Küste zu Küste  errechnet sich ein Rückzahlungszeitraum von ca. 25 Jahren ab Inbetriebnahme. Wird die dänische Hinterlandanbinung mit berücksichtigt, werden die kompletten Schulden in 30 Jahren abbezahlt sein.

Die feste Querung über den Fehmarnbelt ist ein prioritäres Vorhaben im Rahmen des Aufbaus eines transeuropäischen Verkehrsnetzes. Daher fördert die Europäische Kommission das Projekt im Zuge des Programms für Transeuropäische Verkehrsnetze (TEN-V). Die Kommission hat bereits für den Zeitraum von 2007 bis 2013 Fördermittel in Höhe von 339 Mio. EUR bewilligt. Dies entspricht gut 25 Prozent der Ausgaben, die für das Vorhaben bis 2013 angesetzt werden. Für den Zeitraum von 2014 bis 2020  wird ebenfalls eine EU-Förderung beantragt werden.