Ein Entwurfs- und Bauauftrag hat folgende Merkmale und Vorhabensphasen:

• Die Femern A/S ist verantwortlich für Planung und Entwurf, Umweltgutachten, Baugrunduntersuchungen usw., die für das Planfeststellungsverfahren benötigt werden, innerhalb dessen die Behörden die Bedingungen für den Bauprozess und das abgeschlossene Vorhaben festlegen. Dies kann zum Beispiel Anforderungen an Lärm, Staub, Wasserqualität, Abfallentsorgung, Zugang usw. betreffen.
• Die Behörden müssen das Vorhaben genehmigen. In Dänemark geschieht dies durch die Verabschiedung eines Baugesetzes, während in Deutschland das kombinierte Straßen- und Eisenbahnvorhaben von der Planfeststellungsbehörde des Landes Schleswig-Holstein genehmigt werden muss. Zu diesem Zeitpunkt wird über die endgültige Trassenführung und die Form des Bauwerks entschieden.
• Festgelegt werden neben den funktionalen Bedingungen der Femern A/S auch Bedingungen für Planung und Durchführung. Es wird ein illustrativer Entwurf vorbereitet, der beispielhaft die Durchführung der Arbeiten darstellt. Dabei handelt sich allerdings nur um eine fiktive Darstellung des endgültigen Vorhabens.
• Danach wird das Vorhaben nach den geltenden EU-Vorschriften international ausgeschrieben. Ist der Gesamtauftrag zu umfangreich für einen einzelnen Bauunternehmer, wird er in mehrere Verträge aufgeteilt. Zu Beginn wird die Femern A/S die Bauunternehmer zur Präqualifikation einladen, d. h. diese müssen nachweisen, dass sie über die für die Durchführung des jeweiligen Teilvorhabens erforderlichen Qualifikationen und Kapazitäten verfügen. Eine Reihe ausgewählter Bauunternehmerkonsortien wird anschließend aufgefordert, Angebote einzureichen. Danach erhalten die Bauunternehmer die Ausschreibungsunterlagen, auf deren Grundlage sie innerhalb von sechs bis acht Monaten ihre detaillierten Angebote einreichen müssen. In dieser Phase untersuchen die Bauunternehmer geeignete Orte für Produktionsstätten und benennen Subunternehmer und Lieferanten. Nach Eingang der Angebote wird die Femern A/S diese prüfen und die Bauverträge an die Bauunternehmerkonsortien vergeben, die die wirtschaftlich vorteilhaftesten Angebote eingereicht haben.
• Zwischen der Unterzeichnung des Bauvertrags und dem Beginn der Ausführung liegt ein Zeitraum von ungefähr einem bis zwei Monaten. Innerhalb dieser Zeitspanne arbeitet der Bauunternehmer die Ausführungsplanung aus, legt sie der Femern A/S zur Genehmigung vor und muss die für ein solches Bauvorhaben erforderlichen spezifischen Genehmigungen einholen. Gleichzeitig werden die dazugehörigen Produktionsstätten eingerichtet.
• Die etwa sechsjährige Bauphase ist ein kompakter Prozess, an dem in der Hochphase wahrscheinlich ca. 6.000 bis 7.000 Menschen pro Jahr beteiligt sind.
• Gegen Ende des Bauvorhabens werden die Arbeiten nach und nach reduziert.
• Bis zur Einweihung der Querung sind zahlreiche Prüfungen durchzuführen, z. B. der Schienenanlagen und der Notfallmaßnahmen. Darüber hinaus werden die Betriebsführung und das Monitoring der Querung aufgebaut.
• Vor der Einweihung wird eine Reihe neuer Lieferanten und Bauunternehmer mit dem Betrieb und der Wartung der fertiggestellten Querung beauftragt. Dazu zählen auch das Personal der Mautstation, die Kontrolle und das Monitoring, die Straßenmeisterei sowie die laufende Wartung der Querung.

Wie die Feste Öresundquerung wird auch die Fehmarnbeltquerung Staatsgrenzen überschreiten. Viele Aspekte im Zusammenhang mit der Produktion und dem Bau unterliegen daher detaillierten Gesetzen und Vorschriften in mehr als einem Land. Andere werden in technischen Normen und Standards vorgeschrieben. Aspekte, die detaillierten Regeln unterliegen, sind beispielsweise:

• Zulässige Grenzwerte für Lärm und Staub, etwa auf der Produktionsstätte, um Belästigungen der Anwohner und der örtlichen Wirtschaft zu vermeiden
• Arbeitsumfeld und Arbeitsschutzmaßnahmen
• Verkehr von und zu den Produktionsstätten – zu Land und zu Wasser
• Kontrolle der Sedimentfreisetzung im Wasser infolge von Baggerarbeiten
• Im Hinblick auf technische Normen und Standards bedeutet die umfangreiche.

Entwicklung von Eurocodes (EN), dass die Art der Durchführung in Deutschland und Dänemark mehr oder weniger harmonisiert ist (wie auch im Rest der EU). Allerdings unterscheiden sich die Gesetze und Vorschriften in beiden Ländern zu einem gewissen Grad. Die Verantwortlichen müssen dafür sorgen, dass die gesetzlichen Bestimmungen eingehalten werden, die am Ort der tatsächlichen Produktion gelten. Bestimmte grenzüberschreitende Tätigkeiten erfordern die Anwendung ähnlicher Regeln für Aktivitäten in beiden Ländern. In solchen Situationen sollten die jeweils strengsten gesetzlichen Bestimmungen angewandt werden.

Die Femern A/S möchte als vorbildliches Unternehmen handeln. Das bedeutet, dass das Unternehmen beträchtliche Mittel investiert, um sicherzustellen, dass sich sowohl die Organisation selbst als auch die von ihr engagierten Bauunternehmer der anzuwendenden Regeln voll bewusst sind. Zusätzlich zu verstärkter Achtsamkeit verlangt die Femern A/S, dass Trainings- und Kontrollprogramme installiert werden, um die korrekte Einhaltung der anzuwendenden Bestimmungen sicherzustellen.