Das Brückenbauwerk wird daher in einzelne Segmente unterteilt, um den Transport zum endgültigen Standort zu ermöglichen. Die Pfeiler und Pfeilercaissons sollen einzeln an Land betoniert werden. Das Brückentragwerk wird in Segmente entsprechend dem Abstand zwischen den Pfeilern unterteilt. Die Fundamente für die Pylonen der Hochbrücke werden an Land gegossen und zum endgültigen Standort vor der Küste transportiert, wo die Pylonen dann direkt vor Ort betoniert werden. Verladekais sind Teil der Baustellen auf Fehmarn und Lolland.
Die Brücke ist – nach Planungsstand – untergliedert in eine 9.300 m lange nördliche Vorlandbrücke von dänischer Seite bis zur Hochbrücke, eine 3.300 m lange Hochbrücke über die näher zur deutschen Küste verlaufende Fahrrinne sowie eine 6.000 m lange südliche Vorlandbrücke von der Hochbrücke bis zur deutschen Küste.