Jedes Jahr strömen viele Millionen Kubikmeter Wasser von der Ostsee, dem größten Brackwassermeer der Welt, über den Fehmarnbelt und die dänischen Belte in die Nordsee. Gleichzeitig fließt salzhaltiges Wasser in die entgegengesetzte Richtung, von der Nordsee durch die dänischen Gewässer. Wenn Brackwasser und Salzwasser aufeinander treffen, zwingt das schwerere salzhaltige Meerwasser das leichtere Brackwasser an die Oberfläche. Dadurch entsteht ein dynamisches Meeresmilieu mit starken Strömungen und bedeutenden Unterschieden in Salzgehalt, Temperatur und Nahrungsangebot.

Die Ökosysteme der flachen Küstenbereiche des Fehmarnbelts ändern sich ständig. Reichlich Sonnenschein bietet der Flora und Fauna günstige Bedingungen, jedoch müssen Pflanzen und Tiere robust sein. Während das Licht Leben bringt, sind die beträchtlichen Temperaturschwankungen über das Jahr für jeden lebenden Organismus eine Herausforderung. Da der Belt in Ost-West Richtung verläuft, entfalten die starken Westwinde unbehindert ihre Kraft und Stürme können die Lebensbedingungen über Nacht ändern.

In den tieferen Bereichen des Fehmarnbelts ist es dunkel, nur wenig oder kein Licht dringt bis zum Meeresboden. Ausgedehnte Schlammbänke bedecken den Grund wie eine endlose Wüste, deren Eintönigkeit durch Oasen aus Steinriffen mit Makroalgen unterbrochen wird, die das sparsame Licht suchen. Wegen des in den unteren Schichten strömenden salzhaltigen Wassers sind diese Schlammbänke reich an Leben. Sandwürmer, Muscheln und Seeigel gedeihen im schlammigen Grund und leben von Planktonresten und Algen aus den höheren, sonnenreicheren Wasserschichten.

Unter der Meeresoberfläche verbergen sich jedoch auch imposante Landschaften mit weitgestreckten Miesmuschelbänken, Seegraswiesen und Makroalgenkolonien. Für diesen Lebensraum sind die starken Strömungen wichtig. Sie gewährleisten ausreichend Zustrom von schwimmenden Mikroalgen und Schalentieren, die den Muscheln als Nahrung dienen und Nährstoff für die Sauerstoff produzierenden Pflanzen sind, die wiederum Voraussetzung für jegliches Leben im Meer bilden.

An der Oberfläche wird diese dynamische Umwelt von Seehunden, Tümmlern und Meeresvögeln bewohnt, die von Land oder vorbeifahrenden Schiffen aus beobachtet werden können.

Vögel, Fische und Säugetiere sind von diesem reichhaltigen Ökosystem unter der Wasseroberfläche abhängig.

Die Muschelbänke westlich von Fehmarn stellen einen sehr wichtigen Nahrungsplatz für Hunderttausende von überwinternden Meeresenten dar – Eiderenten, Reiherenten und Trauerenten suchen dort ihr Futter. Ein Vogel kann bis zu 1,5 kg Miesmuscheln am Tag verzehren.

Drei Fischarten beherrschen den Fehmarnbelt – Hering, Dorsch und Sprotte - wobei der Hering am stärksten vertreten ist. Er macht bis zu 40% des gesamten Fischbestands aus und ernährt sich von mikroskopisch kleinen, schwimmenden Schalentieren. Im Fehmarnbelt gibt es zwei laichende Heringsarten – den Herbstlaicher, vertreten in kleineren, gefährdeten Populationen und den gewöhnlicheren Frühjahrslaicher.

Am Meeresboden leben hauptsächlich Dorsche, der sich von Muscheln, Krabben und Heringen ernähren. Schollen und Flundern sind auf sandbödigen Gebieten verbreitet.

Der Fehmarnbelt ist wegen seiner Meeressäuger interessant. Rødsand ist die südlichste Heimat derSeehunde. Im Winter sieht man auch Kegelrobben, ab und zu sogar mit Jungen. Männliche Kegelrobben können bis zu 300 kg wiegen.

Tümmler gibt es überall im Fehmarnbelt, das ganze Jahr hindurch, jedoch hauptsächlich in den Sommermonaten. Tümmler, Seehunde und Kegelrobben ernähren sich von Fischen, besonders von Dorsch und Hering.