Die Femern A/S ist sich bewusst, dass Bau und Betrieb eines Infrastrukturvorhabens von der Größe der Fehmarnbeltquerung Auswirkungen auf die Umwelt haben werden. Durch eine Reihe von Vorgaben und Auflagen für Planung und Bau der Anlage wird die Femern A/S jedoch sicherstellen, dass die negativen Umweltauswirkungen soweit wie möglich vermieden bzw. minimiert werden. Außerdem werden die positiven Erfahrungen, die man beim Bau der festen Querungen über den Großen Belt und den Öresund gesammelt hat, genutzt. Dort hat sich gezeigt, dass es möglich ist, Umweltkonflikte zu vermindern bzw. zu vermeiden.

Der Schutz der Umwelt wurde in den bisherigen Planungsphasen sorgfältig berücksichtigt: So wurden beispielsweise zwischen 1995 und 1999 Umweltvoruntersuchungen im Rahmen der Machbarkeitsstudien durchgeführt. Verschiedene umweltbezogene Detailthemen wurden 2005 ergänzend untersucht, und 2006 folgte dann das Umweltkonsultationsverfahren.

Zu diesem Zweck wurde das gesamte vorhandene Wissen über mögliche Umweltauswirkungen der Fehmarnbeltquerung in einem Umweltkonsultations-bericht zusammengestellt. Dieser wurde Anfang 2006 veröffentlicht und Behörden, Interessenverbände und die Öffentlichkeit in Dänemark und Deutschland um Stellungnahme gebeten. Im Rahmen dieser öffentlichen Konsultations- und Beteiligungsphase gingen zahlreiche Antworten von Behörden, Interessenverbänden sowie von Privatpersonen aus beiden Staaten ein. Diese Antworten wurden in einem abschließenden Ergebnisbericht zusammengefasst, zu dem die Verkehrsministerien beider Länder Stellung genommen haben.