Auf der Vogelfluglinie zwischen Puttgarden und Rødby werden derzeit pro Jahr rund zwei Millionen Kraftfahrzeuge sowie eine große Anzahl an Personenzügen (Kopenhagen–Lübeck–Hamburg) auf insgesamt fünf Fähren befördert.
Für den Personenverkehr bringt die feste Querung ein Plus an Schnelligkeit und Flexibilität. Die Wartezeiten im Fährbetrieb fallen weg, und die Fahrt über die feste Querung wird mit ca. 15 Minuten deutlich schneller sein als die Überfahrt mit der Fähre.
Der schienengebundene Güterverkehr zwischen Deutschland und Dänemark wird seit 1997 über die Querung über den Großen Belt abgewickelt. Gegenüber der Route über Jütland, Fünen und den Großen Belt ergibt sich bei der Route über den Fehmarnbelt eine Verkürzung um 160 km. Gemeinsam mit der Öresundbrücke zwischen Dänemark und Schweden wird die Feste Fehmarnbeltquerung ein wichtiges Bindeglied im nord- und mitteleuropäischen Straßen- und Schienennetz darstellen.
Im Jahr der Eröffnung wird die Fehmarnbeltquerung voraussichtlich von durchschnittlich 7.700 Fahrzeugen und 3.800 Reisenden im Schienen-Personenverkehr pro Tag genutzt werden. Zum Vergleich transportieren die Fähren 2007 rund 6.200 Fahrzeuge pro Tag. Die feste Querung erspart im Schienen-Personenverkehr eine gute Stunde Reisezeit. Die Strecke Hamburg–Kopenhagen dauert dann ca. 3 anstelle der jetzigen ca. 4,5 Stunden.